ภารกิจหลักของหน่วยงาน คือ มีอำนาจหน้าที่ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข พ.ศ.2560 ข้อ 21 ดังต่อไปนี้

1.จัดทำแผนยุทธศาสตร์ด้านสุขภาพในเขตพื้นที่อำเภอ

2.ดำเนินการและให้บริการด้านการแพทย์และการสาธารณสุขในเขตพื้นที่อำเภอ

3.กำกับ ดูแล ประเมินผล และสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานสาธารณสุขในเขตพื้นที่อำเภอ เพื่อให้การปฏิบัติงานเป็นไปตามกฎหมาย มีการบริการสาธารณสุขที่มีคุณภาพและมีการคุ้มครองผู้บริโภคด้านสุขภาพ

4.ส่งเสริมสนับสนุนและประสานงานเกี่ยวกับงานสาธารณสุขในเขตพื้นที่อำเภอให้เป็นไปตามนโยบายของกระทรวง

5.พัฒนาระบบสารสนเทศ งานสุขศึกษา และการสื่อสารสาธารณะด้านสุขภาพในเขตพื้นที่อำเภอ

6.ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย